吴郭鱼在台湾也是淡水主要养殖鱼类之一，主要养殖地区在中南部之云林、嘉义、台南等，而且也在内地也开始流行，是非常好料理及肉质好吃的鱼种。但近期有谣传食用吴郭鱼会致癌，以及国内发生吴郭鱼感染病毒大量死亡的事件，恐将对吴郭鱼产业造成不小的伤害。
2017年4月有媒体引述国外网站内容，指出吴郭鱼可能还有致癌物质戴奥辛，当时渔业署便澄清表示，此说法目前并无实际科学数据佐证，近10余年来，已将全数固定污染源纳入法规管制，渔业署并配合台湾的“环保署”每年办理鱼体戴奥辛等检验20件，皆无检出相关有害物质残留情形，消费者可放心食用国产吴郭鱼。
此外，2017年6月12日发现养殖吴郭鱼发生感染吴郭鱼湖泊病毒（TilapiaLakeVirus，TiLV），感染此病毒会造成吴郭鱼大量死亡，有新闻报道“无药可医”恐影响吴郭鱼养殖业，却被扩大解释成可怕谣言，要民众不要购买吴郭鱼否则会被传染。对此行政院农委会强调，TiLV只会让吴郭鱼生病，并不会传染给人类或畜禽；且受到感染的病鱼外观容易看出异常，并不会蒙混在健康吴郭鱼中上市贩售，无须担心食用安全性的问题。
全世界每年吴郭鱼产量超过500万公吨，联合国粮食及农业组织（FAO）认为，吴郭鱼是最能符合环境与资源永续利用发展之主要养殖鱼种，听闻传言应加以求证，避免造成无谓的恐慌，也避免对吴郭鱼养殖业者造成二度伤害。
感染TiLV之吴郭鱼外观，外观可见眼球凸出及体表出血，并不容易混充为健康的鱼。